La clasificación de helechos ha sido muy inestable en el pasado, en gran parte porque los caracteres morfológicos seleccionados para enfatizar en clasificaciones de nivel superior han sido variables. Christenhusz y Chase revisar la historia de la clasificación de helechos y considerar que algunas clasificaciones basadas en características únicas han sido útiles para identificar especies, pero son muy artificiales en términos de sus puntos de vista sobre las relaciones, mientras que las clasificaciones que utilizan un conjunto de caracteres se han considerado más "naturales", pero con el avance de la filogenética molecular, también se ha demostrado que muchos de estos grupos "naturales" son muy artificiales. Destacan qué grupos/géneros tienen problemas taxonómicos que quedan por aclarar y proponen el uso de conceptos de familia más amplios. El progreso en el desarrollo de una clasificación de helechos de consenso se refleja en una nueva clasificación propuesta.
