El Simposio sobre el estado mundial de las plantas y los hongos (SOTWPF) Se construyó en torno a un tema simple pero trascendental: la revolución de la biodiversidad digital. El informe SOTWPF Cuenta con la colaboración de más de 400 expertos de más de 170 instituciones de 40 países. También se publicó junto con la colección especial de la New Phytologist Foundation. Aprovechar las ventajas de la digitalización de muestras, que incluye más de 50 contribuciones de científicos de 38 países.
El simposio de tres días se transmitió en directo, pero la experiencia presencial fue muy diferente. La revolución de la biodiversidad digital se desarrollaba en los pasillos y el auditorio del Laboratorio Jodrell de Kew, entre colas para el café, pósteres, visitas al herbario y al fungiario, y descansos al aire libre junto al lago con nenúfares en flor.
Botany One tenía un puesto lleno de dulces, algunas frutas inesperadas y una rifa de un set de LEGO Bonsai para los suscriptores del boletín informativo. Junto a nuestro puesto, Comunicaciones Max Estaban mostrando su estación de trabajo de digitalización, que incluía una cámara Fujifilm de 100 megapíxeles valorada en más de 5,000 libras esterlinas. Hice una breve broma sobre distraer al equipo y escaparme con ella, pero la broma terminó cuando nos dijeron que la cámara tenía su propio sistema de seguimiento de seguridad.
Alrededor del Laboratorio Jodrell durante el Simposio SOTWPF: Hugh Dickinson del Annals of Botany Compañía, editora invitada de Botany One, Juniper Kiss, y Alun Salt En el stand de Botany One; sesiones de pósteres; y Alan Paton presentando el proyecto de digitalización de Kew. Fuente: Juniper Kiss
He Tras los eventos anteriores sobre el estado de las plantas y los hongos en el mundo, se llevó a cabo en línea.Pero la transmisión en directo no puede replicar las conversaciones junto a los carteles, tomando un café o después de una visita al herbario, el micólogo o los jardines. La comida era vegetariana, por supuesto. Las charlas breves captaron la energía a la perfección: 60 segundos, tarjeta amarilla, tarjeta roja, timbre. Creo que la mayoría de las reuniones mejorarían si se organizaran de esta manera.
Botánica Uno Número especial sobre botánica digital Durante todo el mes habíamos estado dando vueltas a muchas de las mismas preguntas. Abordamos las realidades del trabajo de campo en la búsqueda de plantas, consejos y trucos de digitalización, lo que pueden revelar las colecciones y el espacio entre las herramientas globales y la acción local. El simposio dio la sensación de reunir todos esos temas en un mismo lugar, con más café y muchos científicos generosos que compartieron diferentes enfoques para alcanzar un objetivo común.
Mi principal conclusión fue que la revolución digital de la biodiversidad es real e inspiradora. Millones de colecciones infrautilizadas se están digitalizando en todo el mundo. Pero si esta revolución avanza más rápido que la procedencia, el consentimiento, el desarrollo de capacidades, el reparto de beneficios y la financiación a largo plazo, corre el riesgo de convertir las colecciones en otra infraestructura extractiva. Las charlas dejaron clara la promesa técnica; también plantearon la cuestión más compleja de cómo las instituciones con recursos suficientes apoyarán a las que tienen menos recursos sin obtener más valor del que aportan.
En el taller presencial se planteó la cuestión de qué debería priorizar la comunidad: digitalizar más colecciones, mejorar los datos existentes, financiar la infraestructura local, capacitar al personal o gestionar los registros confidenciales. No obtuve una respuesta clara, especialmente sobre quién financia el trabajo más lento y cómo las instituciones con mayores recursos apoyarán a las colecciones con menos recursos. Vale la pena mencionar esa incertidumbre, porque subyace a toda la revolución. Si bien todos los resúmenes y grabaciones del simposio están disponibles en línea, aquí presentamos algunos de los puntos más destacados.
Día 1: De los especímenes a las acciones de conservación
Uno de los primeros ejemplos provino de Marianne Leroux, de <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">las </font> Instituto Nacional de Biodiversidad de Sudáfrica (SANBI), en el que Erica verticillataEsta especie de Cape Flats se extinguió en estado silvestre durante la primera mitad del siglo XX tras la expansión urbana y el desarrollo agrícola. Las colecciones de herbario ayudaron a los conservacionistas a reconstruir dónde crecía y qué tipo de hábitat necesitaba. Posteriormente, las colecciones de ejemplares vivos contribuyeron a su reintroducción.
Durante su presentación, Leroux afirmó: "Aunque el vínculo entre los especímenes individuales y las políticas pueda parecer lejano, el vínculo es real y nunca debe subestimarse".
Esa es la vía de impacto más directa de la digitalización. Una etiqueta de muestra puede convertirse en una lista de verificación. Una lista de verificación puede convertirse en una lista roja. Una lista roja puede convertirse en una decisión política. Una decisión política puede determinar si un área de hábitat se protege o se urbaniza. Esto no es nostalgia por viejos archivos. Es evidencia que se desplaza por el mundo.
En esa misma sesión se pasó de los herbarios a las colecciones microbianas y fúngicas. Andrey Yurkov, del Instituto Leibniz DSMZ, señaló que las colecciones microbianas son “otro mundo diferente”. Basta con echar un vistazo a Información de la cepaNo son solo etiquetas e imágenes. Incluyen cepas viables, cultivos, secuencias, condiciones de crecimiento, datos metabólicos, nombres, identificadores, restricciones de patentes y, a veces, Protocolo de Nagoya or Convenio sobre la Diversidad Biológica Límites de acceso vinculados al CBD. Para los hongos, el problema se vuelve aún más difícil: un espécimen, un cultivo vivo, una secuencia ambiental y una fotografía de iNaturalist pueden referirse al mismo organismo, pero estar en sistemas diferentes.
Entonces Hannah McPhersonLa charla de Australasia mostró la digitalización como una colaboración a largo plazo en lugar de un proyecto único. Herbario virtual de Australasia comenzó como una colaboración entre herbarios australianos y ahora está conectado con el Atlas de Australia Viva y GBIF. McPherson describió colecciones individuales que van desde 16,000 hasta 1.6 millones de especímenes, con las bases de datos australianas muy por delante en cuanto a imágenes, mientras que las imágenes de Nueva Zelanda están mucho más avanzadas. Destacó muchas herramientas y bases de datos de Australia (por ejemplo Rasgos australianos, hesp, SpeciMatey cómo también facilitan la custodia del conocimiento cultural, brindando oportunidades para la gestión de especímenes con perspectiva cultural y la repatriación del conocimiento. Como dijo McPherson, “algo recolectado ayer, algo recolectado hace cientos de años” puede ayudar a reconstruir el panorama global.
Uno de sus ejemplos más memorables fue “Obtenido por Dan”. La frase aparece en especímenes recolectados por George Caley, el primer botánico nombrado por el gobierno en Sídney, cuando trabajaba con el poseedor de conocimientos de las Primeras Naciones. Daniel MoowattinEstas etiquetas hacen más que señalar las plantas. Ayudan a recuperar la historia de la recolección, el lenguaje y el reconocimiento. También demuestran por qué la digitalización puede ser una forma de reparación, si se realiza con cuidado. Una imagen de un espécimen sin ese contexto sería mucho menos valiosa.
Carlos Jaramillo, PollenGeo La charla destacó las maravillas de palinologíaEl polen es casi indestructible, muy variado y útil en la autenticación de la miel, alergias, medicina forense, arqueología, exploración petrolera y paleoecología. Puede decirnos dónde han estado las abejas, por dónde pudo haber viajado un cuerpo, cómo se movieron los humanos por Europa y cómo era la Amazonia hace millones de años. El trabajo de Jaramillo vincula la digitalización robótica de portaobjetos con redes neuronales entrenadas con polen neotropical. Un portaobjetos puede tardar unos 12 minutos en digitalizarse y producir un archivo de aproximadamente 20-25 GB, lo que traslada un trabajo que antes requería horas frente al microscopio a un flujo de trabajo construido a partir de OMERO, Archivo de BioimágenesBases de datos MySQL, servidores, microscopios, estaciones de trabajo y ordenadores de procesamiento de IA.
La ponencia de Jaramillo también generó una de las mejores citas técnicas del simposio.
“Llevo haciendo esto unos 35 años y usamos imágenes constantemente, pero la verdad es que no sabía lo que era una imagen hasta que empecé este proyecto.”
Por ejemplo, ¿hacer? piensa conocer la diferencia entre JPEG y PNGUna imagen digital no es solo algo que se ve bien en una pantalla. Se compone de píxeles, planos focales, formatos de archivo, compresión, metadatos, color, resolución e información. Esto es importante porque ahora las colecciones se preparan tanto para máquinas como para personas.
Día 2: De especímenes de herbario a coordenadas y características
Damon LittleLa charla de Sòlarsteinn llevó ese mismo problema al lenguaje. Sòlarsteinn es un sistema de IA para georreferenciar etiquetas de especímenes. Comenzó con el objeto que da nombre al sistema: un objeto de la era vikinga. piedra del sol que divide la luz en dos haces y puede ayudar a encontrar el sol en días nublados. Fue una buena metáfora. Una etiqueta de herbario también es una herramienta de orientación, pero bastante engorrosa.
Una etiqueta puede contener un topónimo antiguo, una taquigrafía de coleccionista, una estación de ferrocarril que ya no existe o una frase como «cerca» o «alrededor» que debe convertirse en coordenadas. El sistema de Little no se presentó como un truco mágico de LLM. Recordó cómo empezó este proyecto. «Usa un LLM», dijeron. «Simplemente funcionará», dijeron. A esto le siguió un suspiro y una risita suave. La arquitectura real fue mucho más cuidadosa: GBIF y iDigBio Datos de entrenamiento y prueba, tokenización SentencePiece, 4,096 identificadores de token, Núcleo Darwin Salidas, coordenadas esféricas, mecanismos de atención y una función de pérdida personalizada que utiliza la distancia geodésica a través de la Tierra.
Convertir especímenes de herbario centenarios en datos “listos para la IA” no es un eslogan. Es el trabajo de convertir un lenguaje histórico irregular en evidencia estructurada de biodiversidad. El trabajo más amplio de Little también incluye la Conjunto de datos del desafío Half-Earth 2021 del Herbario, lo que ayudó a crear un conjunto de datos de entrenamiento amplio y diverso para el reconocimiento automático de taxones a partir de pliegos de herbario.
Siguiente, Jeannine Cavender-Bares, de los Herbarios de la Universidad de Harvard, impulsó la digitalización más allá de las etiquetas y las imágenes RGB. Su charla sobre espectros de reflectancia del herbario mostró cómo los especímenes pueden contener información sobre la estructura, la química, la función y la filogenia de las plantas. En el informe, explica que los fotones en el rango visible nos permiten ver el color, mientras que las longitudes de onda del infrarrojo cercano y del infrarrojo de onda corta transmiten información sobre la "estructura, la química y muchos otros aspectos de la morfología vegetal". Sin embargo, la metodología aún es delicada, ya que los diferentes instrumentos, fondos, configuraciones ópticas y metadatos todavía necesitan estandarizarse. Grupo de trabajo de iHerbSpec Se está intentando crear protocolos compartidos antes de que se multipliquen los conjuntos de datos espectrales incompatibles.
Los hongos, por fin en primer plano.
Los hongos fueron un tema recurrente en el simposio, un recordatorio más de lo que aún falta. Ester Gaya, Proyecto de secuenciación de Fungarium El proyecto utiliza especímenes tipo históricos de hongos como evidencia genómica. Su objetivo es caracterizar molecularmente 7,000 especímenes tipo para uso público, provenientes de colecciones que en conjunto albergan más de 1.8 millones de especímenes de hongos y alrededor de 61 000 tipos. En la presentación de Ester, el punto clave fue que la secuenciación de material tipo no se limita a agregar ADN a especímenes antiguos; puede ayudar a estabilizar los nombres de los hongos, conectar las colecciones históricas con las filogenias modernas y facilitar su uso en la investigación sobre conservación y biodiversidad.
Larissa Trierveiler Pereira La charla sobre la diversidad de hongos de Brasil hizo visible el otro lado del problema. Brasil ha tenido una importante infraestructura nacional de datos de plantas, incluyendo la Flora y hongos de Brasil En la plataforma REFLORA, los hongos a menudo se han quedado rezagados con respecto a las plantas en cuanto a participación, monografías, listas de endemismo y uso para la conservación. Pereira describió su trabajo con hongos gasteroides extraños y coloridos —“bastante extraños, por eso me encantan”—, al tiempo que mostró cómo se necesitan datos de especímenes, registros de GBIF y plataformas nacionales para incorporar los hongos a las Listas Rojas y a las políticas de conservación. Su charla también demostró que los datos pueden pasar de las colecciones a la legislación: Brasil ahora cuenta con una lista nacional oficial de especies de hongos amenazadas., otorgando a los hongos catalogados protección legal y restricciones en cuanto a recolección, transporte, almacenamiento, gestión y comercio. También utilizó Rickiella edulis, el “hongo de queso suizo”, como ejemplo concreto de cómo se pueden combinar datos de especímenes, estudios de campo, caracterización molecular, conservación ex situ y divulgación pública para la conservación de los hongos.
Los carteles también mostraban la gran cantidad de especies que aún permanecen ocultas: Madagascar posee más de 3,000 ejemplares de hongos, pero una proporción significativa se ha perdido, está mal conservada o se encuentra en fungarios extranjeros, especialmente en Europa. La digitalización puede eliminar algunas barreras geográficas, pero no puede ignorar su existencia.
Cuando los herbarios silenciosos hablan
Daniel Zhigilaestamos hablando herbarios silenciosos Probablemente recibió el aplauso más prolongado del simposio. Su punto de partida era sencillo: un ejemplar en un armario polvoriento puede ser tan importante científicamente como uno expuesto en un portal digital impecable. Tras trabajar en los herbarios de la Universidad de Harvard, donde podía consultar ejemplares cuidadosamente seleccionados en línea, regresó a Nigeria y visitó el herbario de su alma mater.
Allí, en habitaciones “viejas, polvorientas y destartaladas”, encontró “ejemplares magníficos y de gran belleza” que permanecían ocultos a la ciencia global de la biodiversidad. Su objetivo no era comparar los herbarios de Harvard y Nigeria, sino preguntarse por qué un conjunto de especímenes podía hablarle al mundo mientras que el otro permanecía en el olvido. Como él mismo lo expresó, estas colecciones “guardan silencio no porque no tengan nada que decir, sino… porque la ciencia global no tiene oídos para escucharlas”.
Las cifras hacen que ese silencio sea difícil de ignorar. Zhigila y sus colegas Se encontraron alrededor de 53 herbarios en Nigeria, pero más del 70% no estaban registrados en directorios globales como Índice HerbariorumAlrededor del 30% había hecho algún esfuerzo por digitalizar localmente, a menudo en computadoras portátiles, de escritorio o unidades externas, pero solo alrededor del 5% había subido especímenes o metadatos en línea. La consecuencia se muestra a través de Cnestis ferruginea, una planta medicinal. Los modelos de distribución de especies basados únicamente en especímenes conservados fuera de Nigeria dieron un rango mucho menor que los modelos que utilizaron especímenes nigerianos dentro del país.
La frase final de una diapositiva lo resumía a la perfección: «Cada espécimen tiene voz. Asegurémonos de que se escuche». Esa es la versión de la digitalización por la que vale la pena luchar: no la extracción de datos de lugares inexplorados, sino la inversión que permite a los países crear, conservar y utilizar su propia evidencia botánica.
Las sesiones de pósteres reiteraron este punto. El trabajo de digitalización de Zimbabue demostró lo que se puede lograr con la priorización estratégica, el desarrollo de capacidades y las alianzas en un contexto de recursos limitados. El trabajo de Etiopía en el marco del GBIF (Fondo Mundial para la Investigación de la Naturaleza) mostró cómo el fortalecimiento de capacidades puede movilizar datos de herbario y de presencia de especies de regiones subrepresentadas, respaldar las evaluaciones de la Lista Roja, la modelización de la distribución de especies y la elaboración de informes nacionales.
La segunda parte continúa con el tercer día, en el que el simposio pasó de los métodos y la infraestructura a la autoridad, el reparto de beneficios, las licencias abiertas y la inteligencia artificial.
LEER MÁS
• Simposio sobre el estado mundial de las plantas y los hongos - Programa, grabaciones y contexto del simposio
• Informe sobre el estado de las plantas y los hongos del mundo en 2026 - El informe que respalda el simposio
• Colección especial de la Fundación New Phytologist: Aprovechando las ventajas de la digitalización de especímenes. - Artículos relacionados publicados en New Phytologist y Plants, People, Planet
• Botánica Uno Número Especial sobre Botánica Digital - el tema central que se trató paralelamente al simposio
• Artículo de PollenGeo: Jaramillo, C., Punyasena, S., de Alba, D., Alveo, R., Arcila, A., Bermúdez, J., Bustos, J., Caballero‐Rodríguez, D., Cárdenas, K., Caro, D., Carvajal, F., Castañeda, I., Chaves, S., D'Apolito, C., Díaz-Jaramillo, A., Díaz, L., Gómez, L., León-Carreño, M., Lopera, P., López, M., López, P., Mander, L., Murcia, J., Moreno, C., Moreno, E., Neyra, E., Orosco, B., Ortiz, J., Ossa, N.Ovalle, N., Ovalle, C., Plata, A., Romero, I., Scudeiro, B., da Silva Caminha, S., Tejada‐Fajardo, A., Do Valle, V., y Madera, T.(2025) Digitalización de colecciones para aprovechar todo el potencial de la palinología: Un estudio de caso con la colección de palinología del Smithsonian. PLANTS, PEOPLE, PLANET, 8(4), pp. 1116-1131. Disponible en: https://doi.org/10.1002/ppp3.70073.
• Artículo sobre espectros de herbario de última generación: Cavender-Bares, J., Blanco, D., Ahlstrand, N., Austin, M., Bastianelli, D., Bazan, S., Boughalmi, K., Cardenal-McTeague, W., Chacón-Madrigal, E., Couvreur, T., Davis, C., Durgante, F., Gracia, O., Guzmán Q., J., Hansen, K., Hernández-Leal, M., Hopkins, M., Jackson, R., Kothari, S., Lee, A., Léveillé‐Bourret, É., Pinto-Ledezma, J., Quinteros Casaverde, N., Meireles, J., Neto-Bradley, B., Nicodemo, C., Ree, R., Schmull, M., Soltis, D., Soltis, P., Tuomisto, H., Ustin, S., y Vasconcelos, C. (2025) Digitalización de especímenes de próxima generación: captura de espectros de reflectancia de los herbarios del mundo para modelar la biología vegetal a través del tiempo, el espacio y los taxones. New Phytologist, 251(2), pp. 645-665. Disponible en: https://doi.org/10.1111/nph.70645
• Papel de herbario silencioso: Zhigila, D., Schmidt-Knapik, R., Thiers, B., Abdul, S., Abdullahi, S., AbdulRahaman, A., Aigbokhan, E., Ajibade, G., Ajikah, L., Akomaye, F., Ayodele, A., Azila, J., Babale, A., Bello, A., Chukwuma, D., Chukwuma, E., Dadile, A., Ekeke, C., Finian, yo., Folorunso, A., Gbenga, A., Haruna, M., Ibrahim, J., Kolawole, O., Liman, A., Mbagwu, F., Namadi, S., Njom, V., Nodza, G., Nwafor, F., Nwankwo, O., Abdías, C., Oloruntoba, B., Sawa, F., Tumba, Y., Umar, M., Usen, E., Wabili, M., y Davis, C. (2025) La ciencia de la biodiversidad mejora cuando los herbarios silenciosos hablan. PLANTAS, PERSONAS, PLANETA, 8(4), pp. 1378-1386. Disponible en: https://doi.org/10.1002/ppp3.70091.
