Con el avance de la secuenciación de alto rendimiento, los métodos de representación reducida, como la secuenciación de captura de destino (TCS), surgieron como formas rentables de recopilar información genómica, en particular de las regiones de codificación. Como se espera que las lecturas fuera del objetivo de dicha secuenciación sean similares a la lectura del genoma (GS), Costa et al. evaluó la calidad de la caracterización repetida en genomas de plantas utilizando estos datos.
Para verificar si las lecturas fuera del objetivo también podrían reciclarse para identificar y potencialmente cuantificar el ADN repetitivo, el equipo seleccionó la juncia Rhynchospora como modelo. Rhynchospora es uno de los géneros más grandes de Cyperaceae, que comprende ~350 especies. Análisis repetido a gran escala que cubre todos los principales clados de Rhynchospora proporcionaría información valiosa sobre la evolución repetida de este género.
Todas las principales familias de ADN repetitivo se identificaron en TCS, incluidas las repeticiones que mostraron abundancias tan bajas como 0.01 % en los datos de GS. Las correlaciones de rango entre las abundancias repetidas de GS y TCS fueron moderadamente altas (r = 0.58–0.85), aumentando después de filtrar los loci objetivo de las lecturas TCS sin procesar (r = 0.66–0.92). Los datos repetidos obtenidos por TCS también fueron confiables para desarrollar una sonda citogenética de una nueva variante del satélite holocentromérico Tyba. Las filogenias basadas en repeticiones de los datos de TCS fueron congruentes con las obtenidas de los datos de GS y el árbol de alineación de genes.
Costa et al. pudieron encontrar la mayor parte de la diversidad repetida de cinco Rhynchospora especies utilizando lecturas TCS filtradas y sin filtrar. Dependiendo de la estrategia de filtrado empleada, la Rhynchospora los datos utilizados aquí mostraron una baja abundancia de lecturas en el objetivo, lo que indica una proporción considerable de lecturas fuera del objetivo adecuadas para repetir el análisis.
In un comentario sobre el artículo, Heitkam y García afirman: “[L]as repeticiones identificadas en los conjuntos de datos de captura objetivo fueron efectivas para el desarrollo de fluorescente in situ hibridación (FISH), lo que indica que las secuencias correspondientes eran representativas de las familias de repetición individuales. Esto implica que la reutilización de las secuencias de captura objetivo disponibles puede ser una alternativa económica para permitir la citogenómica a gran escala, especialmente dado el costo del análisis del genoma para una gran cantidad de especies”.
“La identificación de marcadores citogenéticos adecuados para FISH, como se propone aquí, es especialmente prometedora y puede permitir estudios citogenéticos comparativos más grandes a costos más bajos que podrían complementar los enfoques filogenómicos. Esta estrategia combinada de citogenómica y filogenómica sin duda generará nuevas preguntas sobre la contribución cromosómica a la especiación y la diversificación”.
ARTÍCULO DE INVESTIGACIÓN
Costa, L., Marques, A., Buddenhagen, C., Thomas, WW, Huettel, B., Schubert, V., Dodsworth, S., Houben, A., Souza, G., Pedrosa-Harand, A. , 2021. Apuntar fuera del objetivo: reciclar lecturas de secuenciación de captura de objetivos para investigar ADN repetitivo. Annals of Botany. https://doi.org/10.1093/aob/mcab063
