Una controversia importante y de larga data en la evolución de las coníferas se refiere a las relaciones filogenéticas en la subfamilia Cupressoideae (Cupressaceae) entre Juniperus, Cupressus y Hesperocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis (HCX) clado. Mao et al. reconstruir sus relaciones filogenéticas utilizando datos transcriptómicos.

Todos los métodos de construcción de árboles prestan un fuerte apoyo a la relación (HCX, (Juniperus, Cupressus)), a pesar de los conflictos fuertemente apoyados entre los árboles de genes individuales. La rápida divergencia evolutiva y la clasificación incompleta del linaje probablemente actuaron juntas como la fuente de inferencias filogenéticas contradictorias entre los árboles de genes y entre nuestros sólidos resultados y los estudios publicados recientemente. Los análisis posteriores arrojan una imagen más clara de la historia biogeográfica pero con pequeños cambios en los esfuerzos previos de datación molecular.