Los hongos micorrízicos son necesarios para la germinación y el establecimiento de plántulas en las orquídeas, por lo que las asociaciones pueden estar involucradas en la determinación de la hibridación entre especies. jaquemyn et al. muestran que en tres especies del género Orquídea (O. antropophora, O militaris y O. purpúrea) las semillas que se originan de cruces híbridos germinan fácilmente en el campo y los protocormos muestran superposición en las asociaciones de micorrizas con sus respectivos progenitores. Por lo tanto, las asociaciones parecen contribuir poco al aislamiento reproductivo en estas especies.