Si crees que he estado fuera de mi alcance con algunas de las charlas, entonces abróchate el cinturón. Por lo general, cubro los artículos de genómica muy lentamente.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=401https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169589147276894210
Ana Caicedo se abre mirando el arroz de maleza o el arroz rojo. Es un competidor del arroz cultivado y reduce los rendimientos. Los posibles progenitores del arroz maleza podrían ser el arroz silvestre predomesticado o las manchas de arroz domesticado. Lo que Caicedo ha encontrado es que el arroz maleza es un ejemplo de evolución recurrente. Sigue volviendo del arroz domesticado. con relativamente pocos cambios genéticos requeridos para la aparición de rasgos de maleza. es un ejemplo de desdomesticación.
https://twitter.com/zoemig/status/1169592619401469952
Las plantas que llamamos arroz maleza convergen en rasgos similares. Caicedo se concentró en romper semillas. Es un rasgo de mala hierba útil. Es algo que se cría a partir de arroz domesticado. El resurgimiento de la fragmentación no es una reversión de un alelo domesticado. Lo han desarrollado de maneras novedosas.
El desmenuzamiento del arroz depende de la formación de una zona de abscisión. Es donde se desprende el grano cuando se cae. Todo el arroz maleza forma una zona de abscisión.. El estado ancestral difiere entre los grupos de arroz maleza. Incluso con una zona de abscisión, el arroz cultivado no se rompe y el arroz maleza sí.
https://twitter.com/GlobalPlantGPC/status/1169593569440665603
Caicedo y sus colegas están cruzando malezas con cultivos ancestrales y viendo qué sucede. Pueden rastrear los QTL y descubrir que no coinciden entre cruces, por lo que parece que diferentes genes están desencadenando la destrucción. También encontraron que se expresaron diferentes genes, lo que respalda sus hallazgos.
Esto significa que romper es algo que el arroz encuentra muy fácil de volver a evolucionar. Como Los alelos adaptativos a malezas se originan a través de múltiples mecanismos., va a ser un problema difícil de combatir.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=1543
Charla de Richard Buggs
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169593894708948992
Después de eso fue ricardo buggs sobre genómica para futuros árboles. “Así como necesitamos más árboles en el mundo, estamos perdiendo árboles”.
¿Cómo conseguimos más árboles? Buggs analiza la domesticación del trigo y la compara con la cría de árboles. “La reproducción de árboles está en el Neolítico”. Este es un problema bien conocido con tiempos de generación difíciles de experimentar. Ash necesita 10 años para reproducirse y 30 años para crecer para cosechar madera. Donde la ceniza tiene una ventaja es que su genoma es solo una octava parte del tamaño del trigo.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169593882499153922
Había tres experimentos de los que habló, todos en prensa. Uno era un GWAS, con ADN de árboles enfermos. No pudo obtener ADN de árboles muertos, por lo que los más susceptibles no estaban en la encuesta, pero obtuvo árboles que estaban tan malos como prácticamente podrían estar. Parecía que habían encontrado genes que ayudaron a combatir la muerte regresiva del fresno. Usando el genoma, intentaron predecir la salud de un árbol a partir de su ADN. Con solo 200 SNP, obtuvieron una precisión del 90 %.
https://twitter.com/zoemig/status/1169595563576352768
También ha analizado la filogenómica de la convergencia en relación con el barrenador esmeralda del fresno. Los árboles asiáticos son mucho mejores para matar las larvas del escarabajo. Estudiar los genes y asignarlos a la susceptibilidad de los fresnos. Encontraron tres ramas que condujeron a la resistencia al barrenador esmeralda del fresno. Eso dio la esperanza de encontrar una evolución convergente que conduzca a la resistencia de los insectos en el desarrollo de defensas químicas. Quince genes fueron candidatos para la detección y señalización de respuestas de defensa.
https://twitter.com/JessBTurner/status/1169596456769970176
Finalmente, están los estudios de Asociación Genoma-Ambiente. Había estado trabajando con James Borrell en abedul para esto. Intentaron buscar correlaciones entre los SNP y los entornos. Si se pueden encontrar coincidencias, se abre la posibilidad de mover semillas para ayudar con la adaptación local.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=2753
Charla de Andrew Groover
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169598421373784064
andres groover vino a continuación para hablar sobre la variación de rasgos en Populus. La variación genética es la base de la adaptación de una especie, lo cual importa si su clima está cambiando. La mayoría de los rasgos comercialmente importantes son cuantitativos. Groover dijo que la variación más importante desde el punto de vista ecológico también es cuantitativa.
https://twitter.com/zoemig/status/1169598981166551041
Si bien puede interrogar los datos genéticos, todavía hay una brecha en ir a los genes para fenotipar. Groover señaló que parte de esto se debe a que es necesario considerar cómo interactúan los genes entre sí. La variación del número de copias puede aumentar la variación al cambiar los objetivos de los genes. Agregar o eliminar copias (un poco como la poliploidía parcial, creo) puede agregar variación para el estudio en una población. Esto podría explicar mucha variación en la fenología, pero menos en la biomasa.
Populus las hojas tienen una variación extraordinaria. En algunas especies del desierto, esto puede cambiar con la estación para garantizar la idoneidad para un entorno. Observar la dosis de genes en las hojas es una forma de identificar los genes responsables de ciertos fenotipos.
Groover mirando de cerca el transporte de agua en madera, donde no solo se modifica la cantidad de madera sino también la morfología de las células conductoras de agua en respuesta a las condiciones ambientales. Sin embargo, también hay un fuerte elemento heredado.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=4154
Charla de Katherine Denby
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169604810531905536
katherine denby ha estado trabajando en la mejora genética de hortalizas de hoja. Junto con los problemas habituales de desnutrición y sobrenutrición, Denby destacó el problema de la falta de micronutrientes, como la vitamina A.
https://twitter.com/zoemig/status/1169604975447748609
https://twitter.com/KatieField4/status/1169605710528880640
Abrió con la lechuga como problema. Hay un par de patógenos fúngicos que normalmente causan pérdidas del 10%, pero pueden ser mucho mayores. Los hongos pueden desarrollar resistencia a los fungicidas con bastante rapidez. Son un objetivo difícil ya que no existe una resistencia de un solo gen contra los patógenos.
El equipo probó la detección directa en red para identificar genes clave. Esto utiliza datos de series temporales de transcriptoma. El estudio analizó las respuestas más tempranas para ver cómo respondió la planta. El equipo de Denby también observó la expresión génica en el patógeno para ver cómo reaccionaba a las defensas. Descubrieron que la sobreexpresión de los genes del centro de la red proporciona resistencia a las enfermedades en la lechuga.
También han analizado la diversidad de lechugas en busca de fuentes de genes. Los parientes silvestres parecen tener mejor resistencia a Botrytis. Si bien puede identificar patrones en QTL, no puede pasar inmediatamente a los genes.
https://twitter.com/plantspplplanet/status/1169608415435530241
Otro proyecto que tiene Denby es trabajar con vegetales de hojas africanas, en particular Amaranthus. Hay alrededor de 60 especies, pero esto está en debate. Son ricos en vitaminas y minerales, y crecen en la mayor parte del sur de África. Son plantas resistentes, C4, con tolerancia a la sequía y populares como fuente de condimento. Pero a medida que las personas se mudan a las ciudades, dejan de comerlo.
Denby está tratando de encontrar formas de mejorar Amaranth y alentar a los pequeños agricultores a cultivar la planta en lugar de simplemente recolectarla. Comenzó analizando la diversidad del amaranto y analizando la eficiencia del uso del agua y la eficiencia del uso nutricional del agua. Esto significa que las plantas mantienen su valor nutricional en condiciones de sequía. También es necesario que la planta tenga un sabor agradable.
https://youtu.be/rp_z60Dg6CE?t=5407
Charla de Zoë Migicovsky
https://twitter.com/trnsitionalform/status/1169609867075739648
El último orador fue Zoë Migicovski sobre la genómica de la domesticación de la manzana.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610224048779264
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169610901525151745
Malus domestica Se cree que fue domesticado a partir de M. sieversii, aunque hay diferencias genéticas significativas, debido a la introgresión de otras especies como la manzana silvestre europea. En cuanto a los genes, la manzana silvestre tiene una influencia más fuerte en las manzanas para sidra que en comer manzanas.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169611233856823297
Ella ha estado investigando el color. A principios de este año, los investigadores encontraron una asociación entre un retrotransposón y el color rojo. Ha encontrado selección en la misma región del genoma.
https://twitter.com/dawngarden/status/1169612044712251397
Otro estudio fue sobre manzanas firmes contra blandas, es difícil saberlo, pero podría haber habido alguna selección de manzanas más firmes. Diversidad alélica de NAC18.1 es un determinante importante de la firmeza de la fruta y la fecha de cosecha en la manzana.
Las manzanas se propagan clonalmente. Al tomar esquejes e injertos, hay muy poca o ninguna variación genética en los cultivares de manzana. La variación ocurre en las ramas de los cogollos, y estos se pueden seleccionar. Aunque se ven diferentes, son casi idénticos genéticamente.
https://twitter.com/RJABuggs/status/1169613287895572481
Algo sorprendente es que nueve de las diez mejores manzanas están estrechamente relacionadas. Migicovsky presentó un diagrama de cultivares de manzana conectados por sus parientes de primer grado. Puede obtener entre la mayoría de los cultivares populares en solo uno o dos pasos. El valor atípico es Honeycrisp, una manzana que aún no ha despegado en Europa. Si quieres una manzana diversa, elige Honeycrisp.
Hay mucho trabajo por hacer. Hay mil accesiones en la colección de manzanas de Nueva Escocia. Puedes seguir a Zoë Migicovsky en Twitter en @zoemig.
