La función Paquete de inferencia de FILOGENIA, PHYLIP, escrito por Joe Felsenstein (Universidad de Washington) ha alcanzado el hito de cumplir 30 años. Casi todos los volúmenes recientes de Annals of Botany tiene artículos que usan este programa para el análisis de datos, entre los 32,000 artículos que lo citan publicados desde 1980. Hay pocos paquetes de software que hayan resistido la prueba del tiempo durante tantas generaciones de computadoras: lo he estado usando regularmente desde que era un Estudiante de doctorado. Desarrollado mucho antes de las interfaces WIMP (ventanas, íconos, mouse, puntero), PHYLIP aún conserva su simplicidad modular y versatilidad. Es mucho menos probable que termine con basura dentro, basura fuera, ninguno de los algoritmos es propietario, hay una literatura gigantesca asociada con el programa, y la documentación es un modelo de claridad. Siempre me siento incómodo con los grandes paquetes de análisis informático modernos donde estás tan 'protegido' (¿o está tan 'desprotegido'?) de los algoritmos, y los métodos PHYLIP tienen una literatura sólida (aunque a veces controvertida) detrás de ellos.
Durante este período, el Dr. Felsenstein ha continuado con la extensión del programa y, además de la documentación, hay una página de Phylip en Facebook, donde responde a todas las consultas, desde las más básicas hasta las más avanzadas. A pesar del uso generalizado de PHYLIP y su valor para una amplia comunidad, el anti-reconocimientos en la parte inferior de la página de Créditos También es una lectura interesante, que muestra lo difícil que puede ser financiar el desarrollo y la publicación de un método tan ampliamente utilizado.
Debido a su naturaleza sencilla, uso PHYLIP regularmente en los cursos, en el nivel básico a través de una de las muchas interfaces web, por lo que no es necesario descargarlo ni instalarlo. Uno de mis usos se muestra en www.BS1008.molcyt.com : los estudiantes califican una serie de caracteres de hojas de árboles y arbustos, que clasifican juntos a los árboles de hoja perenne (Quercus ilex y Osmanthus), y luego los comparan con los datos de ADN que siguen una clasificación natural y los robles yacen juntos. Otra aplicación fácil de visualizar de PHYLIP para la enseñanza es determinar las relaciones entre los whiskies escoceses. Un libro del segundo Michael Jackson más famoso (es decir, después del editor de AoB Plants) clasifica 109 tipos diferentes de whisky de malta Sobre la base de 68 cualidades organolépticas (color, nariz, cuerpo, paladar y final), Lapointe y Legendre publicaron una “Clasificación de los whiskies escoceses de malta pura”. (Estadística Aplicada. 1994; 43(1):237; http://dx.doi.org/10.2307/2986124 (archivo versión de repositorio disponible aquí; datos matriz para el análisis está aquí en el sitio web de Pierre Legendre, y tiene otro relacionado artículo sobre matrices de distancia entre whiskies de malta).
Así que feliz cumpleaños PHYLIP y felicidades a tu creador.
Editar 1 de diciembre: agregar enlace a la matriz de datos de whisky de malta (no whisky).
Peter Bradbury del USDA, Cornell, también señala otros programas útiles de análisis de SNP:
BORLA, http://www.maizegenetics.net/tassel EMMA, http://mouse.cs.ucla.edu/ PLINK, http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/ haplovista, http://www.broadinstitute.org/haploview
También hay PowerMarker, http://statgen.ncsu.edu/powermarker/ que también uso en los cursos y permite pegar de forma sencilla datos con formato de Excel.
