La poliploidía, la duplicación de genomas completos, es una fuerza evolutiva importante que prevalece especialmente en las plantas. Un estudio reciente ha revelado que todas las angiospermas han sufrido al menos dos rondas de duplicación del genoma completo antiguo, además de varios eventos más jóvenes específicos del linaje. Se cree que estos eventos han sido muy importantes en la diversificación evolutiva de las plantas con flores.
lino cultivado (usitatissimum) se sabe que se sometió a una duplicación del genoma completo hace unos 5-9 millones de años. El objetivo de un estudio reciente en Annals of Botany fue investigar si se han producido otros eventos de duplicación del genoma completo en la historia evolutiva del lino cultivado. El conocimiento de tales duplicaciones del genoma completo será importante para comprender la biología y la genómica del lino cultivado.
Transcriptomas de 11 Linum las especies fueron secuenciadas utilizando la plataforma Illumina. Las lecturas cortas se ensamblaron de novo y se usó la canalización DupPipe para buscar firmas de eventos de poliploidía a partir de la distribución por edades de los parálogos. Además, las filogenias de todos los parálogos se ensamblaron dentro de una ventana de edad estimada de interés. Estas filogenias se evaluaron en busca de evidencia de un evento de paleopoliploidía dentro del género Linum.
Se descubrió un evento de paleopoliploidía previamente desconocido que ocurrió hace 20 a 40 millones de años y se demostró que es específico de un clado dentro de Linum que contienen lino cultivado (L.usitatissimum) y otras especies principalmente de flores azules. El hallazgo fue respaldado por dos líneas de evidencia. Primero, se mostró un cambio significativo de pendiente (pico) en la distribución de edades de los parálogos que estaba filogenéticamente restringido y era ubicuo en este clado. En segundo lugar, se recuperó una gran cantidad de filogenias parálogas que son consistentes con un evento de poliploidía que ocurre dentro de ese clado.
Los resultados muestran la utilidad de la transcriptómica de múltiples especies para detectar eventos de duplicación del genoma completo y demuestran que múltiples rondas de poliploidía han sido importantes para dar forma a la historia evolutiva del lino. Comprender y caracterizar estos eventos de duplicación del genoma completo será importante para futuros Linum humana y agrícola.
