Los sistemas de raíces (RS) son excelentes candidatos para contribuir al desarrollo de nuevos cultivares tolerantes a la sequía debido a su papel clave en la absorción de agua y su plasticidad fenotípica. Los modelos de sistemas radiculares funcionales-estructurales (FSRSM) pueden simular numéricamente el movimiento del agua desde la raíz hasta el brote. Los ensayos multientorno resultantes en silico permiten estimar el estrés hídrico que sienten los cultivos en cualquier entorno..
En un nuevo artículo publicado en in silico Plants, El Dr. Félicien Meunier de la Université catholique de Louvain y sus colegas presentan MAize Root System Hydraulic Architecture solucionador (MARSHAL). Esta herramienta computacional eficiente y fácil de usar combina un modelo de arquitectura raíz (CRootBox) con algoritmos rápidos y precisos de flujo de agua a través de arquitecturas hidráulicas y cálculos de parámetros a escala de planta.
“Nuestro trabajo anterior mostró que las ecuaciones precisas del flujo de agua en una arquitectura hidráulica del sistema radicular proporcionaron una mayor precisión que los métodos existentes. La implementación de esto en un FSRSM existente cerró la brecha entre los rasgos locales de la raíz y los parámetros arquitectónicos e hidráulicos mejorados de la planta”, dijo Meunier.
Para ilustrar el potencial de la herramienta, los autores generaron arquitecturas hidráulicas de maíz contrastadas que compararon con las observaciones arquitectónicas e hidráulicas del sistema de raíces. La variabilidad observada de estos rasgos fue bien capturada por las ejecuciones de conjuntos de modelos.
El código MARSHAL se publica bajo una licencia de código abierto y está disponible como:
- un paquete R: https://github.com/MARSHAL-ROOT/marshal (https://doi.org/10.5281/zenodo.2391555)
- una aplicación web en línea: https://plantmodelling.shinyapps.io/marshal/ (https://doi.org/10.5281/zenodo.2391249)
- una canalización de RMarkdown: https://github.com/MARSHAL-ROOT/marshal-pipeline (https://doi.org/10.5281/zenodo.2474420)
Toda la información relevante se puede encontrar en el sitio web de MARSHAL: https://marshal-root.github.io/27
