Los penotipos de embriones de coníferas clonados pueden estar fuertemente influenciados por una serie de in vitro factores y, en algunos casos, la variación clonal puede exceder la que se encuentra en la naturaleza. Von Aderkas et al. estudiar embriones de alerce híbrido, Larix × marschlinsii, y encuentran que los embriones cigóticos, que maduran en la oscuridad dentro de los conos de semillas, nunca acumulan fenoles mientras que los embriones cultivados in vitro (es decir, somáticos) acumulan fenoles fácilmente. Por el contrario, la luz tiene un efecto negativo sobre la acumulación de proteínas. Los embriones somáticos que maduran a la luz acumulan compuestos fenólicos como la quercetrina en las cubiertas de las raíces embrionarias, que se vuelven rojas. Los resultados sugieren que se requiere un mayor estudio de los factores abióticos para obtener una mejor comprensión de los eventos durante la embriogénesis.