Todos sabemos que es importante contar con las herramientas adecuadas para cada tarea, ya sea recolectar plantas en el campo para la investigación científica o cocinarlas en la cocina. Lo mismo ocurre con la digitalización: convertir objetos físicos en datos e imágenes que puedan almacenarse digitalmente. En los últimos años, se ha impulsado la digitalización de colecciones de museos y de historia natural. Las colecciones de museos biológicos albergan organismos recolectados por exploradores, algunos de hace siglos, en todo el mundo. Si bien algunas de estas curiosidades pueden exhibirse al público, la gran mayoría permanecerá oculta, esperando su momento de protagonismo. 

La digitalización ofrece la oportunidad de catalogar minuciosamente cada artefacto, toda la información que lo acompaña, como etiquetas relacionadas con su origen e identidad. Documentar digitalmente una colección de objetos físicos de esta manera es una salvaguarda contra eventos catastróficos, como el Incendio que devastó el Museo Nacional de Brasil en 2018., o la desaparición de objetos, como el El Museo Británico lo experimentó en 2023.Además de facilitar la supervisión de la colección, la digitalización la hace accesible a quienes no pueden viajar físicamente para verla y crea nuevas oportunidades para la investigación y el arte a una escala impracticable sin un repositorio de datos e imágenes digitales. Entonces, ¿cómo se digitaliza una colección botánica? 

Botany One habló con la Dra. Heather Cole, Gerente de Datos de Biodiversidad de las Colecciones Biológicas de Agricultura y Agroalimentación de Canadá (AAFC). Cole participa activamente en la promoción y el apoyo a la digitalización de las colecciones y los biorrecursos de AAFC, incluyendo el desarrollo y la implementación de estándares para la captura, el almacenamiento y el intercambio de imágenes y datos. Durante los seis años Colecciones biológicas y movilización de datos En el marco de este proyecto, Cole y su equipo fotografiaron hasta 2,000 especímenes de herbario al día, lo que supuso la captura de imágenes de más de 600,000 especímenes durante el transcurso del proyecto. 

La digitalización suele comenzar con una pregunta aparentemente sencilla: ¿cómo se captura la muestra en primer lugar? ¿Qué equipo y software se utilizaron para la digitalización?

Considero la digitalización en dos grandes categorías: imágenes y transcripción de datos. DAO (Colección Nacional de Plantas Vasculares de la AAFC), utilizamos dos configuraciones diferentes para la obtención de imágenes de especímenes de herbario. Una es un sistema de cinta transportadora de alto rendimiento fabricado por Digitalización de Bioshare, que incluye software integrado para automatizar la cinta transportadora y la cámara. Utiliza un objetivo macro de 50 mm con una cámara Canon EOS 5DS R o una Nikon Z7 II.

El otro proceso, basado en el modelo del Jardín Botánico de Nueva York, es un método manual de “caja de luz”. Utiliza una cámara que dispara a través de un orificio en la parte superior de una caja de mesa, que ilumina el espécimen desde arriba y tres lados. Para las cajas de luz, utilizamos cámaras Canon EOS 5D Mark II/III con un objetivo macro de 50 mm montado en un soporte de copia. Se pueden replicar configuraciones similares con una buena iluminación ambiental. Actualmente, el herbario DAO utiliza Especificar como su sistema de gestión de colecciones. Siempre que sea posible, los datos de los especímenes se transcriben directamente en la base de datos; si no es posible, utilizamos hojas de cálculo, siguiendo los estándares Darwin Core para la estructura de datos.

Pero tomar la imagen es solo el comienzo. Una vez que las muestras han sido fotografiadas o escaneadas, el verdadero valor de la colección digital depende de cómo se estructuran, verifican, vinculan y reutilizan los datos. ¿Cómo gestionaste los datos, incluidos los metadatos, y el control de calidad?

Estos aspectos de la digitalización son complejos. Requieren herramientas, experiencia y tiempo, que no siempre están disponibles, y puede ser difícil encontrar el equilibrio entre la integración de los recursos existentes y los estados futuros o ideales. Para nuestros procesos de imagen, realizamos una calibración de color en cada estación de trabajo para garantizar que los colores de los especímenes sean lo más realistas posible, pero para optimizar nuestros flujos de trabajo, no ajustamos la configuración de la cámara para cada espécimen. Una revisión visual de cada imagen puede ayudar a detectar problemas de calidad. Incorporamos la propiedad, los derechos de autor y la licencia de AAFC en los metadatos de cada archivo de imagen, que también incluyen la configuración de la cámara utilizada para la fotografía, así como la fecha y el nombre de la persona que inició sesión en la máquina. Para la transcripción de datos, proporcionamos capacitación sobre cómo interpretar los datos de las etiquetas y los técnicos superiores realizan controles aleatorios. Al importar datos de hojas de cálculo a nuestra base de datos, los controles de calidad incluyen la revisión de la ortografía para la taxonomía y la geografía, así como el formato de las fechas y las coordenadas geográficas. Con los datos de los especímenes, registramos el nombre de la persona que transcribió los datos, la fecha de transcripción y el protocolo o proyecto correspondiente. En nuestra situación actual ciencia ciudadana En estos flujos de trabajo, tres voluntarios diferentes transcriben la información de cada muestra, lo que mejora significativamente la confianza en la calidad de los datos.

Cole, que domina tanto el inglés como el francés, está entusiasmada con la idea de impulsar la toma de decisiones basada en datos y fomentar una cultura de innovación dentro de su grupo. ¿Qué es algo que te hubiera gustado saber antes de empezar a digitalizar tu colección?

¡No utilice hojas de cálculo para transcribir datos! Puede parecer la solución más sencilla, pero a menos que cuente con personal y software especializados para revisar, limpiar e importar datos a una base de datos, rápidamente se convierte en un problema. Existen muchos sistemas de gestión de colecciones gratuitos, e incluso una base de datos de uso general suele poder configurarse para adaptarse a sus necesidades. Si bien elegir, configurar y aprender a usar un sistema adecuado puede llevar más tiempo al principio, los beneficios son enormes. Las bases de datos o sistemas de gestión de colecciones diseñados específicamente para este fin ofrecen una funcionalidad de gestión de datos más fiable, consistente y escalable, lo que facilita el mantenimiento y el acceso a sus datos a medida que avanza su proceso de digitalización.

Con toda esta experiencia, Cole promueve las mejores prácticas para la gestión de datos digitales y ha implementado proyectos exitosos de ciencia ciudadana que continúan mejorando el acceso a la información sobre biodiversidad de AAFC. Sus esfuerzos en la gestión de los derechos de autor y las licencias han impulsado aún más la administración responsable de los activos de datos de AAFC. Además, su compromiso con las iniciativas de Datos Abiertos y Ciencia Abierta refleja su dedicación a la transparencia y la colaboración en la investigación científica.

El consejo de Cole nos devuelve a los fundamentos de la digitalización: las buenas imágenes son importantes, pero los buenos sistemas lo son igualmente. Un proyecto de digitalización exitoso requiere equipos adecuados para la colección, estándares de datos que permitan la reutilización de los registros y flujos de trabajo que puedan seguir creciendo sin convertirse en un laberinto de hojas de cálculo. Bien hecha, la digitalización no se trata solo de fotografiar especímenes. Se trata de facilitar la gestión, el intercambio, el estudio y la protección a largo plazo de las colecciones.

Perfil del escritor invitado

Magda (ella/suya) es una ecóloga británico-polaca que reside actualmente en Londres, Reino Unido. Formada como ecóloga de campo, en 2023 se especializó en la digitalización y conservación de herbarios. Esto la ha llevado desde los Jardines Botánicos Reales de Kew hasta el Instituto Botánico del Sur de Londres, y este otoño se incorporará al Trinity College de Dublín.

Imagen de portada: Un ejemplar de Dombeya burgessiae del herbario de Kew que fue digitalizado (http://specimens.kew.org/herbarium/K004979670)