La evolución reticular, junto con las características reproductivas que limitan más recombinaciones interespecíficas, da como resultado mosaicos mezclados de grandes fragmentos genómicos de los taxones ancestrales. Los datos de secuenciación del genoma completo (WGS) son herramientas poderosas para descifrar genomas tan complejos, pero aún son demasiado costosos para ser utilizados en grandes poblaciones. El objetivo de este trabajo fue desarrollar un enfoque para inferir estructuras filogenómicas en individuos diploides, triploides y tetraploides a partir de datos de secuenciación en bibliotecas de complejidad genómica reducida. El enfoque se aplicó a los cultivos Cítricos acervo genético resultante de la evolución reticulada que involucra cuatro taxones ancestrales, C. máxima, C. médica, C. micrantha y C. reticulata.
Entre 43,598 SNP extraídos, Ahmed et al. identificó un conjunto de 15,946 DSNP que cubren todo el genoma con una distribución similar a la de las secuencias de genes. El conjunto infirió eficientemente el cariotipo filogenómico de las 53 accesiones analizadas, proporcionando patrones para accesiones comunes muy similares a los establecidos previamente utilizando datos WGS. Los complejos cariotipos filogenómicos de 21 cítricos cultivados, incluidas la bergamota, las limas triploides y tetraploides, se revelaron por primera vez.
La tubería, disponible en línea, infirió de manera eficiente las estructuras filogenómicas de los cítricos diploides, triploides y tetraploides. Será útil para cualquier especie cuyo comportamiento reproductivo resulte en un mosaico interespecífico de grandes fragmentos genómicos. También se puede utilizar para las primeras generaciones de esquemas de mejoramiento interespecífico.
