En los últimos años, se ha identificado un número cada vez mayor de ARN largos no codificantes (lncRNA) en humanos, animales y plantas, y se ha demostrado que varios de ellos desempeñan funciones importantes en diversos procesos biológicos. Sin embargo, se ha realizado poco trabajo sobre el mecanismo de regulación de la biogénesis y expresión de lncRNA, especialmente en plantas. En comparación con los estudios de los genes codificantes del objetivo del inhibidor de la maduración (RIN) del factor de transcripción MADS-box del tomate, hay pocos informes sobre su relación con los ARN no codificantes. El objetivo del presente estudio fue identificar y explorar el papel específico de los lncRNA objetivo de RIN en el desarrollo y la maduración del fruto del tomate.
Los objetivos de lncRNA de RIN se identificaron mediante secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq) combinada con análisis de secuenciación profunda de ARN. Yu et al. identificó 187 lncRNA como objetivos RIN directos, que exhibieron sitios de unión a RIN en sus promotores y mostraron una expresión diferente entre el tipo salvaje y el mutante rin. Se demostró que seis lncRNA objetivo se unen con RIN directamente en sus promotores in vivo y in vitro. Además, el uso de la tecnología CRISPR/Cas9 para eliminar el locus del objetivo lncRNA2155 indicó que retrasó la maduración de la fruta en el tomate.
En conjunto, estos hallazgos brindan una nueva visión de RIN en la regulación transcripcional de los lncRNA y sugieren que los lncRNA contribuirán a una mejor comprensión de la red reguladora de RIN que controla la maduración de la fruta.
