Además de las dos especies cultivadas para el café, Coffea arabica y C. canephora, el género tiene otras 123 especies silvestres, de las cuales 112 son nativas de África y las islas del Océano Índico. razafinarivo et al. evaluar la diversidad genética de 728 individuos, que representan 60 especies de estas áreas clave de diversidad de especies, utilizando 13 marcadores de microsatélites nucleares. Además de una buena relación entre las delimitaciones de especies morfotaxonómicas y las unidades genéticas, encuentran un patrón general de genotipos que van de oeste a este a lo largo de África y las islas del Océano Índico, sin superposición entre las especies de las dos áreas principales. Madagascar parece representar un lugar de diversificación significativa en términos de riqueza alélica y diversidad de especies.