Lathyrus japonicus comúnmente habita en las costas. Sin embargo, también crece cerca de las orillas de un lago interior (lago Biwa, un antiguo lago japonés de agua dulce) donde se supone que estuvo aislado durante mucho tiempo. Se describe el impacto de este aislamiento a largo plazo en las estructuras filogeográficas y poblacionales. Esto revela una baja diversidad genética debido al efecto de cuello de botella. Las implicaciones para la disminución de estas poblaciones tierra adentro y su conservación se discuten en este libre: papel de acceso abierto.