El sitio web Quantitative Plant fue desarrollado para ayudar a los investigadores que tienen que analizar plantas a encontrar el conjunto de datos de imágenes, la herramienta o el modelo matemático adecuados para su investigación.

Lo que en 2013 fue únicamente un base de datos de análisis de imágenes de plantas se ha convertido en una base de datos integral de conjuntos de datos públicos para el fenotipado de plantas, herramientas de software de análisis de imágenes y modelos para plantas

A la izquierda está el logotipo de Quantitative Plant: un círculo con engranajes, una hoja y un monitor de computadora y una torre adentro. El texto "Planta Cuantitativa" está a la derecha.

Mantenido por Guillaume Lobet y Clément Saint Cast, el Planta Cuantitativa El sitio web presenta 180 herramientas de software de imágenes, 31 conjuntos de datos de imágenes y 101 modelos de plantas y cultivos a partir de marzo de 2022.

Guillaume Lobet, profesor asistente en un puesto conjunto entre el Forschungszentrum Jülich y la UCLouvain, es un entusiasta de las plantas y un apasionado de la ciencia abierta. Le pregunté por qué.

“Adquirir conjuntos de datos es un ejercicio largo y (a veces) costoso. Compartir públicamente un conjunto de datos puede reducir su costo y, al mismo tiempo, aumentar su reproducibilidad y su uso posterior. Los repositorios de datos y el auge de las revistas de datos pueden incluso ayudar a obtener más citas. La reproducibilidad es fundamental, por lo tanto, no solo los datos deben estar abiertos, sino también el software y el modelo matemático. Los repositorios de código pueden evitar que el software y las herramientas académicas desaparezcan después de que se agoten los fondos y los incentivos. Brinda más posibilidades de mantenimiento a largo plazo a través de la colaboración y puede ayudar a depurar el código y el control de versiones. En última instancia, se pueden abrir todos los pasos del proceso de investigación y las herramientas para hacerlo están disponibles”, explica Guillaume Lobet.

¿Qué tan completo es el sitio web de Quantitative Plant? Si una herramienta está en la esfera pública, está curada manualmente por Guillaume Lobet y Clément Saint Cast. Si falta algo, dan la bienvenida a las presentaciones.

La base de datos en línea no es solo una lista de herramientas y modelos matemáticos. Cada uno se presenta de manera concisa en un marco consistente y se describe por sus características generales (p. ej., parte de la planta estudiada) y usos (p. ej., especie estudiada). Están referenciados por uno o más artículos científicos que presentan sus características o casos de éxito.

Esta información descriptiva permite a los usuarios consultar la base de datos con palabras clave o navegar por ella con criterios predefinidos como el tipo de órgano a analizar, las medidas a realizar, la especie vegetal, el tipo de licencia y el sistema operativo.

Una captura de pantalla del sitio web de Quantitative Plant. El encabezado muestra enlaces a herramientas de software de imágenes, conjuntos de datos de imágenes y modelos de plantas y cultivos en la parte superior. También hay enlaces a API, enviar, acerca de y citar el sitio web. Hay 180 herramientas, 31 conjuntos de datos y 101 modelos actualmente archivados. También hay un cuadro de texto para realizar búsquedas. El subtítulo tiene menús desplegables donde se pueden elegir el órgano de la planta, las medidas, el sistema operativo, el tipo de licencia y el nivel de automatización. Debajo de eso, la imagen tiene cuadros para una selección de modelos que incluyen su nombre, logotipo o imagen representativa, tipo de órgano de la planta, medida, íconos que representan el sistema operativo y año de inclusión en la base de datos.

“Creemos que un recurso público como este proporcionará una forma de intercambiar y comunicar sobre el desarrollo de nuevas herramientas y modelos, pero también facilitará la colaboración y la conexión entre las comunidades de fenómica y modelado”.

Para obtener una base de datos completa de conjuntos de datos públicos para el fenotipado de plantas, consulte el sitio web de Quantitative Plant en https://www.quantitative-plant.org.