Las respuestas de las plantas al estrés ambiental están reguladas por hormonas de señalización, como el ácido jasmónico, el ácido salicílico, el etileno y el ácido abscísico. Los científicos de plantas comúnmente usan genes marcadores para estudiar qué vías de señalización se activan, sin embargo, estos marcadores fueron diseñados y probados para las respuestas de los brotes en Arabidopsis thaliana. No está claro si los paradigmas basados en experimentos sobre órganos de superficie de a. thaliana son enteramente transferibles a brotes y raíces de otras especies.
Un estudio reciente de Papadopoulou <em>et al.</em> publicado en AoB PLANTS investigó la dinámica de regulación de genes marcadores relacionados con hormonas tanto en raíces como en brotes de la planta no modelo brasica rapa. El estudio mostró algunos de los marcadores moleculares de uso común desarrollados en a. thaliana no mostró una respuesta específica a las aplicaciones de una sola hormona en B. rapa. Además, el mismo gen marcador puede responder de manera diferente a la aplicación de hormonas en raíces y brotes. Estos hallazgos sugieren que las respuestas de genes marcadores pueden ser específicas de órganos y especies y deben interpretarse con precaución. Por lo tanto, es aconsejable combinar análisis de genes marcadores múltiples con los de niveles de fitohormonas para determinar con mayor certeza qué vías de defensa reguladas hormonalmente están activadas.
