Las variedades comestibles de banano sufrieron una serie de cuellos de botella durante su evolución y domesticación, lo que dio como resultado una serie de genotipos originales que se diversificaron clonalmente. Sardis et al. han genotipado más de 500 bananos cultivados y parientes silvestres usando marcadores DArT.

Resultados obtenidos de STRUCTURE para el análisis de la muestra silvestre completa (94 individuos)
Resultados obtenidos de STRUCTURE para el análisis de la muestra silvestre completa (94 individuos) (A) Mediana Ln(K) y mediana ΔK (Evanno et al., 2005). (B) Partición de los individuos según su coeficiente de pertenencia Q entre los grupos K para K = 2, 3, 4 y 8. El grupo I está compuesto por 27 M. acuminata banksii; el grupo II por seis M. acuminata burmannica/burmannicoïdes; el grupo III por una M. acuminata errans y tres M. acuminata calificadas como híbridas; el grupo IV por 13 M. acuminata malaccensis; el grupo V por dos M. acuminata microcarpa; el grupo VI por una accesión calificada como híbrida, de dos M. acuminata siamea, de una M. acuminata truncata y una M. acuminata sin subespecies conocidas; el grupo VII por siete M. acuminata zebrina; grupo VIII de híbridos entre M. acuminata y M. schizocarpa; grupo IX de 11 M. balbisiana; y grupo X de 11 M. schizocarpa.

Identificaron dos grupos genéticos principales en el acervo genético cultivado de diploides comestibles que cuestionan la existencia de dos centros clave de domesticación, en Nueva Guinea y el sudeste asiático. También se identificaron subgrupos policlonales, lo que destaca aún más las diferencias evolutivas en el surgimiento de los cultivares de banano comestibles actuales.