Los cambios de distribución y la selección natural a través de cambios climáticos pasados ​​son factores importantes para determinar la estructura genética de las especies forestales. Kimura et al. usar una combinación de filogeografía y métodos de modelado de distribución de especies para identificar las respuestas de Cryptomeria japónica, endémica del archipiélago japonés, a cambios climáticos pasados. Identifican cuatro grupos de genes, uno de los cuales es probable que haya sido establecido por refugios crípticos. Un cline de diversidad genética ambiguo a lo largo de las elevaciones sería predicho por el patrón de distribución y la accesibilidad de las poblaciones de refugio después del último máximo glacial, lo que sugiere que múltiples refugios y/o eventos de mezcla afectaron la estructura general de la diversidad genética.