El género Solanum incluye importantes cultivos de hortalizas y sus parientes silvestres. La introgresión de sus características útiles en cultivares de élite requiere una recombinación efectiva entre homólogos, que está parcialmente determinada por la diferenciación de la secuencia del genoma. en este estudio gaiero et al. compararon las fracciones repetitivas del genoma de especies silvestres y cultivadas de los clados de papa y tomate en un contexto filogenético.

Comparación de similitud de todos a todos de lecturas de secuencias de especies de Solanum basadas en la composición de grupos en las 13 especies incluidas en este estudio.
Comparación de similitud de todos a todos de lecturas de secuencias de especies de Solanum en función de la composición de grupos en las 13 especies incluidas en este estudio. Los gráficos de barras muestran el tamaño de la fracción repetitiva del genoma, representada como un porcentaje de cada genoma. Los diferentes colores representan diferentes familias de repeticiones. (A) Abundancia relativa de repeticiones intercaladas. (B) Abundancia relativa de repeticiones en tándem. Consulte Gaiero et al. 2018 para conocer los códigos de las especies.

Se correlacionó la abundancia repetida y el tamaño del genoma, y ​​se encontró que los genomas más grandes de las especies en el clado del tomate contenían una mayor proporción de elementos no clasificados. Las familias y linajes de elementos repetitivos se conservaron en gran medida entre los clados, pero sus proporciones relativas diferían. Las repeticiones más abundantes fueron Ty3/Gitano .

Los perfiles repetidos en Solanum parecen ser muy similares a pesar de la diferenciación del genoma a nivel de colinealidad. La eliminación de elementos transponibles por recombinación desigual puede haber sido responsable de los reordenamientos estructurales en todo el clado del tomate. La variabilidad de la secuencia en el clado del tomate es congruente con la amplificación de repeticiones específica del clado después de su divergencia de S. etuberoso y papas La baja diferenciación entre la papa y sus parientes silvestres a nivel de repeticiones intercaladas puede explicar la dificultad para discriminar sus genomas mediante técnicas de hibridación genómica in situ.