Poco se sabe sobre por qué algunas cepas de rizobios no logran formar asociaciones simbióticas exitosas con plantas de cultivo leguminosas. Melino et al. comparar incompatibles (sin N2-fijación) y pobremente compatibles (N reducido2-fijación) asociaciones entre cuatro genotipos de trébol (Trifolia spp.) y cuatro cepas de Rhizobium leguminosarum p.ej. trifolio y evaluar la eficacia simbiótica mediante una variedad de medidas. Encuentran tres respuestas principales a la incompatibilidad, a saber, la endocitosis bacteriana fallida de los hilos de infección en las células corticales de la planta, la diferenciación de bacteroides que aborta prematuramente y una reserva reducida de bacteroides funcionales como resultado de la senescencia prematura. Por lo tanto, las respuestas deficientes del crecimiento de las plantas que resultan de la nodulación por cepas incompatibles ahora pueden vincularse a aberraciones morfológicas específicas.
