Lolium perenne (ryegrass perenne) es la especie de pasto forrajero y de amenidades más cultivada en áreas templadas en todo el mundo y existe la necesidad de comprender las arquitecturas genéticas de los rasgos agrícolas clave y las características de los cultivos que brindan servicios ambientales más amplios. Harper et al. tuvo como objetivo identificar regiones genómicas asociadas con rasgos importantes para la agricultura mediante la integración de un mapa físico basado en un cromosoma artificial bacteriano (BAC) con un estudio de asociación del genoma completo (GWAS).
Se derivaron entre ~3600 y 7500 contigs de mapas físicos, según el software y los umbrales de probabilidad utilizados, y se integraron con ~35 k clones BAC secuenciados para desarrollar un recurso previsto para abarcar la mayoría de los L perenne genoma Del GWAS, ocho loci diferentes se asociaron significativamente con la fecha de partida, el ancho de la planta, la biomasa de la planta y la acumulación de carbohidratos solubles en agua, siete de los cuales podrían estar asociados con contigs del mapa físico. Esto permitió la identificación de una serie de genes candidatos.
La combinación del recurso de mapeo físico con el GWAS nos ha permitido ampliar la búsqueda de genes candidatos en regiones más grandes del L perenne genoma e identificó una serie de interesantes anotaciones de modelos genéticos. Estos mapas físicos ayudarán a validar futuros ensamblajes basados en secuencias del L perenne genoma.
