La cría de ganado ocupa tierras que podrían utilizarse de otras formas. Si se pudiera mejorar la tierra, se requeriría menos para mantener el ganado, pero ¿cómo hacer esto? Steve Hanley y sus colegas proponen que mejorar la hierba de los pastos podría ayudar. Si pudieran mejorar la digestibilidad, entonces el ganado no necesitaría pastar tanto. También argumentan que mejorar el contenido de lípidos podría disminuir las emisiones de metano del ganado. En un nuevo documento en Annals of Botany los científicos muestran cómo minería de alelos podría proporcionar la respuesta.

El equipo examinó los genes de la C₄urocloa especie (sin. braquiaria) y Megatirso máximo (Syn. Pánico máximo). Estos son pastos utilizados como pasto en África y América del Sur. Se predice que los alelos de pérdida de función (LOF) en objetivos genéticos conocidos mejorarán los rasgos de estos pastos. Hanley y sus colegas buscaron estos alelos, o variantes genéticas, entre las accesiones de urocloa especies y Megatirso máximo en la colección del banco de germoplasma del CIAT.

“Desarrollamos una nueva metodología para el descubrimiento de alelos de genes candidatos en una colección de accesiones diploides y poliploides con solo una secuencia preliminar del genoma para una especie diploide como referencia”, escriben Hanley y sus colegas. “Nuestro enfoque de combinar RNAseq y captura de cebo proporciona un medio para evitar pseudogenes y resolver complejidades. Como parte del proceso, mejoramos los modelos genéticos para 18 genes clave y confirmamos la precisión de dos más en el U. ruziziensis genoma v1. Nuestro enfoque podría adaptarse para el descubrimiento de alelos en otras colecciones o poblaciones de plantas”.

“En el futuro, el enfoque de extracción de alelos que describimos aquí podría aplicarse a otros genes y no necesita limitarse a los alelos perjudiciales para la función molecular. Por ejemplo, los genes candidatos subyacentes a la apomixis... y la resistencia al salivazo... se han identificado recientemente en urocloa; con una mejor capacidad para predecir las consecuencias de las variantes en estos, un enfoque de minería de alelos podría ser valioso. Además, para objetivos genéticos como estos, donde los alelos dominantes pueden afectar el fenotipo, la genética de asociación de genes candidatos podría ser un enfoque útil, como se aplicó con éxito para el gen FT y el tiempo de floración en Lolium perenne… A medida que mejore el conocimiento de los genes, la extracción de alelos de germoplasma diverso se convertirá en una herramienta cada vez más poderosa para identificar líneas que podrían incorporarse de manera beneficiosa a muchos programas de mejoramiento de cultivos”.