El entorno del suelo al que están expuestas las poblaciones naturales de plantas es bastante complejo. Las bacterias representan los principales actores en el suelo y se cree que el número de células se acerca a 1 × 10⁹ –1.5 × 10¹⁰ por gramo de suelo constituyendo más de 4000 genomas únicos. Estas bacterias participan en gran medida en el ciclo de los nutrientes, así como en la interacción íntima con las raíces de los esporofitos. Las bacterias y las raíces se comunican a través de señales químicas y hormonales, que pueden iniciar directamente cambios en el comportamiento y la morfología de las plantas. La diafonía entre la raíz del esporofito y las bacterias y entre las propias raíces del esporofito está bien estudiada. Menos exploradas son las posibles relaciones entre los gametofitos de vida libre y las bacterias del suelo.

En un artículo reciente publicado en AoBP, Capataz et al. identificar una bacteria del suelo y explorar sus efectos sobre el desarrollo sexual y rizoide en el helecho Ceratopteris richardiiLa generación haploide multicelular de las plantas (gametofito) es responsable de la producción de espermatozoides y óvulos. C. richardiiLos gametofitos viven libremente en el suelo y pueden desarrollarse como machos o hermafroditas. Esta decisión de desarrollo no está programada genéticamente, sino que está determinada por el entorno. Una feromona liberada por los hermafroditas, llamada anteridiogen, induce a los individuos a desarrollarse como machos. La presencia de la bacteria... Pseudomonas nitroreducens Bloquea la inducción masculina y provoca que más individuos se desarrollen como hermafroditas. La bacteria también induce el desarrollo de rizoides más largos, pero menos numerosos, tanto en machos como en hermafroditas.