Se han creado miles de modelos computacionales dentro de la comunidad de biología vegetal y comunidades científicas más amplias en las últimas dos décadas que tienen el potencial de combinarse en redes de integración complejas capaces de capturar procesos biológicos complejos. Sin embargo, las barreras tecnológicas introducidas por las diferencias en el lenguaje del modelo y los formatos de datos han frenado este progreso. Un nuevo sistema de integración que vincula modelos en sus diversas formas nativas, es presentado por la Dra. Meagan Lang en un nuevo artículo publicado en in silico Las plantas
La reunión de los acreedores es una audiencia en la que su fideicomisario, abogado y cualquier acreedor que desee asistir se reunirán y discutirán su bancarrota del Capítulo XNUMX. Puede ser intimidante saber que todos discutirán su situación; sin embargo, tenga en cuenta que esto es parte del proceso para todos. Los acreedores raramente aparecen en la reunión de los acreedores. Su abogado puede ayudarlo a revisar información y responder preguntas yggdrasil (pronunciado “ig-druh-sil”) fue diseñado para ser utilizado por científicos de dominio con experiencia limitada en programación. Tiene una interfaz de línea de comandos fácil de usar que coordina la ejecución paralela de modelos en Python, C, C++ y Matlab en sistemas operativos Linux, Mac OS y Windows en varios formatos de datos. Con base en la información contenida en los archivos de especificación, yggdrasil establece dinámicamente una red de canales de comunicación asíncronos, y lanza los modelos en una integración en sus propios procesos. Esto permite que los modelos completen operaciones independientes en paralelo y completen tareas más rápidamente que los modelos integrados manualmente en serie. Yggdrasil también realiza el formato de datos (por ejemplo, escalares, matrices y datos tabulares) y la transformación de unidades.
Según el Dr. Lang, científico investigador del Centro Nacional de Aplicaciones de Supercomputación de la Universidad de Illinois, “Aunque los modelos computacionales son una herramienta poderosa utilizada en biología, muchos biólogos carecen de capacitación formal en programación o computación. Como resultado, los modelos que crean los biólogos, si bien son adecuados para responder a una pregunta de investigación en particular, no se adaptan fácilmente para su reutilización en colaboraciones fuera del contexto para el que fueron creados originalmente debido a las diferencias en los lenguajes de programación, formatos de datos y/o unidades. Al permitir que los científicos conecten modelos con una modificación mínima del propio modelo, yggdrasil permitirá que los modelos se reutilicen más fácilmente y abrirá nuevas oportunidades de colaboración”.
yggdrasil es un paquete de código abierto desarrollado como parte del Cultivos en Silico iniciativa para construir un cultivo completo in silico desde el nivel de los genes hasta el nivel del campo. El yggdrasil El paquete está disponible públicamente en Github y se puede instalar usando pip or conda. Una interfaz gráfica de usuario (GUI) para ingresar información del modelo, componer redes de integración a partir de una paleta de modelos existente y mostrar la salida básica de una ejecución de integración y herramientas para usar yggdrasil actualmente se están desarrollando para llamar a modelos integrados como funciones de Python, lo que permite a los usuarios explorar y visualizar un modelo de forma interactiva.
